RNA pull down技術(shù) RNA pull down用體外轉(zhuǎn)錄法標(biāo)記生物素RNA探針，然后與胞漿蛋白提取液孵育，形成RNA-蛋白質(zhì)復(fù)合物。該復(fù)合物可與鏈霉親和素標(biāo)記的磁珠結(jié)合，從而與孵育液中的其他成分分離。復(fù)合物洗脫后，通過Western Blot檢測特定的RNA結(jié)合蛋白是否與RNA相互作用，質(zhì)譜實驗檢測特定的RNA結(jié)合蛋白鑒定蛋白質(zhì)類型。

凝膠遷移實驗EMSA/EMSA 蛋白質(zhì)可以與末端標(biāo)記的核酸探針結(jié)合，在瓊脂糖膠或非變性膠中電泳時這種復(fù)合物比無蛋白結(jié)合的探針在凝膠中泳動的速度慢，即表現(xiàn)為相對滯后。該方法可用于檢測DNA結(jié)合蛋白、RNA結(jié)合蛋白，并可通過加入特異性的抗體（supershift）來檢測特定的蛋白質(zhì)，進行未知蛋白的鑒定。

RIP技術(shù)（RNA結(jié)合蛋白免疫沉淀） RIP技術(shù)（RNA Binding Protein Immunoprecipitation，RNA結(jié)合蛋白免疫沉淀），是研究細胞內(nèi)RNA與蛋白結(jié)合情況的技術(shù)。分析與目的蛋白結(jié)合的RNA.運用針對目標(biāo)蛋白的抗體把相應(yīng)的RNA-蛋白復(fù)合物沉淀下來，然后經(jīng)過分離純化就可以對結(jié)合在復(fù)合物上的RNA進行分析

染色質(zhì)免疫共沉淀（chip）/Chip assay/chip-seq 染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)主要應(yīng)用于驗證及探尋體內(nèi)環(huán)境中，蛋白質(zhì)和DNA的直接相互作用，旨在探索特定蛋白質(zhì)在DNA上的特定結(jié)合序列，常在研究轉(zhuǎn)錄調(diào)控以及組蛋白修飾中被應(yīng)用到。

免疫共沉淀（CO-IP）/CO-IP/免疫共沉淀 以抗體和抗原之間的專一性作用為基礎(chǔ)的用于研究蛋白質(zhì)相互作用的經(jīng)典方法，當(dāng)細胞在非變性條件下被裂解時，完整細胞內(nèi)存在的許多蛋白質(zhì)－蛋白質(zhì)間的相互作用被保留了下來。如果用蛋白質(zhì)x的抗體免疫沉淀x，那么與x在體內(nèi)結(jié)合的蛋白質(zhì)y也能沉淀下來。

免疫沉淀（IP）/IP/免疫沉淀 在細胞生物學(xué)研究中，有些靶蛋白表達水平不高，難以用免疫印跡的方法檢測到。為此可用特異性識別靶蛋白的抗體進行免疫沉淀，純化和富集靶抗原。